Технология обработки топлива обычно включает два этапа:
первый - обработка, проводимая сразу же после приема топлива в танки запаса перед длительным хранением на борту судна;
второй - обработка, проводимая непосредственно перед подачей в расходную цистерну для обеспечения работы дизеля.
На первом этапе топливо подвергают химико-динамической обработке. Для этого его забирают из танка запаса топливоподкачивающим насосом, перед которым в топливо с помощью дозатора из специальной емкости вводится многофункциональная присадка (если топливо данной присадки не имело). Далее топливо подогревается в подогревателе и поступает на гидродинамическую обработку в гомогенизатор.

Топливо, прошедшее химико-динамическую обработку, по трубопроводному контуру возвращается в танк запаса. По этому контуру топливо можно прокачать 2 раза и более для того, чтобы не только произвести наиболее эффективную обработку, но и осуществить струйный разогрев топлива в танке для дальнейшего его перекачивания к очищающим средствам. Проведя указанную рециркуляцию, можно считать обработку топлива на первом этапе законченной.
Второй этап обработки топлива проводят, если его необходимо подготовить для сжигания в дизеле. На этом этапе забираемое из танка запаса топливо можно вторично подвергнуть гидродинамической обработке в гомогенизаторе или сразу же подать через подогреватель на очистку в фильтрационную установку. Если топливо в танке запаса остыло, то перед подачей на очистку производят его рециркуляцию по трубопроводному контуру для струйного разогрева. В процессе хранения в танке запаса может происходить обводнение (более допустимого предела) топлива, тогда через подогреватель оно подается для очистки от воды в сепаратор, а затем в гомогенизатор и на очистку от механических примесей в фильтрационную установку. Топливо, прошедшее очистку в сепараторе, можно и не пропускать через фильтрационную установку. Обработанное топливо подается в расходную цистерну, откуда через трехходовой клапан, промежуточную смесительную ем­кость (колонку) - к топливоподкачивающему насосу. Далее через подогреватель топливо идет в один из двух контрольных фильтров, откуда через регулятор вязкости направляется по трубопроводу к топливным насосам высокого давления дизеля. Излишки топлива от топливных насосов сбрасываются в промежуточную смесительную емкость.
В системах топливоподготовки с гомогенизаторами вязкость высоковязкого топлива следует поддерживать около верхнего предела -10° ВУ. Топливо с такой вязкостью нагревается в гомогенизаторе в результате трения (внутреннего), возникающего при сжатии и истечении топлива через гомогенизирующий клапан, и его вязкость понижается примерно до 2-3° ВУ.