Периодичность и продолжительность работы сепаратора в основном зависят от качества масла и тепловой нагрузки дизеля. В судовых установках с крейцкопфными главным двигателем, где масло используется только для смазки подшипников коленчатого вала и некоторых других поверхностей трения, сепаратор работает 40—50% времени работы дизеля. При использовании масла циркуляционной системы смазки для охлаждения головок поршней процессы окисления масла значительно ускоряются, и сепарирование масла занимает 70—80% времени работы дизеля.

Если главный двигатель тронкового типа сепаратор также является основным средством очистки масла от загрязнений. Сепарацию масла в этих дизелях осуществляют в течение всего времени их работы и даже во время стоянок судна. Это вызвано тем, что в тронковых дизелях загрязнение масла происходит интенсивнее, чем в крейцкопфных, так как масло в них используется для смазки не только подшипников, но и деталей ЦПГ, где оно подвергается воздействию высоких температур работающих в цилиндре газов, загрязняется продуктами неполного сгорания топлива, его зольной частью, продуктами изнашивания металла деталей двигателя.
Для повышения качества сепарации иногда промывают водой циркуляционные масла, не содержащие присадок, а также некоторые масла с антикоррозионными и антиокислительными присадками. Некоторые присадки способствуют эмульгированию масел с водой, выпадая из него в виде сгустков, а другие хорошо растворяются в воде и могут быть удалены при промывании. Поэтому масла с присадками промывают только в том случае, если известно, что присадки не растворяются в воде и не способствуют образованию водомасляной эмульсии.

Вода растворяет минеральные кислоты и способствует укрупнению (коагуляции) нерастворимых в масле загрязнений, которые в этом случае удаляются значительно эффективнее. Промывание водой позволяет частично удалить из масла высокомолекулярные органические кислоты; ее рекомендуется производить и при попа дании в систему смазки морской воды с целью освобождения масла от солей.
Промывают масла пресной водой в количестве 2—5% установленной подачи масла в сепаратор. Температура воды при поступлении в сепаратор должна быть на 5 градусов выше температуры сепарируемого масла.
В период промывания сепаратор работает в режиме пурификации; при этом из масла удаляется вся вода, которая попала в масло.
За сутки до прибытия к месту стоянки промывание масла водой прекращают, и сепарацию ведут до полного удаления из масла воды. Это делают для предотвращения коррозии шеек коленчатого вала и других вращающихся деталей во время длительного бездействия двигателя.